Évaluation de deux plateformes de détection moléculaire des pathogènes de la gastro-entérite dans les eaux usées traitées de la province orientale de l'Arabie saoudite
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Évaluation de deux plateformes de détection moléculaire des pathogènes de la gastro-entérite dans les eaux usées traitées de la province orientale de l'Arabie saoudite

Aug 06, 2023

Rapports scientifiques volume 12, Numéro d'article : 21744 (2022) Citer cet article

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La capacité de cribler des échantillons d'eau environnementale pour les agents pathogènes de la gastro-entérite, en particulier les virus, reste difficile. Ici, nous avons étudié la présence de virus entériques dans des échantillons d'effluents d'eaux usées traités prélevés dans une tour de refroidissement au Royaume d'Arabie saoudite (SA) de 2018 à 2019. Notre objectif ultime était de déterminer les conditions optimales de manipulation et de traitement des échantillons d'eau. et la méthode de détection la plus sensible pour l'évaluation de la contamination virale. Les eaux usées ont été collectées avant et après le traitement dans trois zones définies. Les échantillons ont été concentrés par ultracentrifugation et analysés à l'aide d'un système de dosage multiplexé à base de billes (technologie Luminex) ou d'une PCR multiplexe (QIAstat-Dx). L'efficacité de ces modalités pour détecter avec précision la contamination virale a ensuite été comparée. Au total, 64 échantillons (16 témoins et quatre échantillons traités par témoin) ont été analysés pour 26 pathogènes entériques. Parmi les échantillons, 98,7 % étaient négatifs pour les virus après le traitement. Les taux de détection étaient plus élevés pour le système PCR multiplex (QIAstat-Dx) par rapport à la méthode d'hybridation, soulignant sa plus grande sensibilité. Les protocoles actuels de traitement des eaux usées en Arabie saoudite pourraient éradiquer efficacement les agents pathogènes viraux, minimisant ainsi leur potentiel de transmission par l'eau. Nous fournissons la première analyse systématique de deux méthodes de détection moléculaire pour l'évaluation des pathogènes associés à la gastro-entérite à partir d'échantillons environnementaux en Arabie Saoudite. Nous concluons que le système de PCR multiplex (QIAstat-Dx) surpasse la technologie Luminex pour la détection des virus pathogènes dans les échantillons d'eau traitée.

Les agents pathogènes associés à la gastro-entérite sont transmis par la voie fécale-orale via de l'eau contaminée ou des sources d'eau non traitées telles que les eaux usées1. Les entérovirus appartiennent à la famille des Picornaviridae et représentent les plus petits virus non enveloppés connus pour infecter les humains et les animaux. Les entérovirus peuvent être isolés du sol, de la mer, des eaux usées et des eaux douces et ont provoqué plusieurs épidémies de gastro-entérite à travers le monde2. Parmi les exemples des 30 dernières années, on peut citer un certain nombre d'épidémies de fièvre aphteuse accompagnées de complications neurologiques dans la région Asie-Pacifique et des cas sporadiques en Europe. La réglementation actuelle de l'Union européenne inclut la détection des entérovirus humains comme paramètre de la qualité de l'eau3. De nombreux processus courants de traitement des eaux usées ne parviennent pas à inactiver complètement ces virus, ce qui rend les eaux récréatives vulnérables à la contamination virale. Les paramètres typiques dosés dans l'eau comprennent l'infection microbiologique par Legionella pneumophila, Klebsiella pneumoniae et les coliformes totaux. Les paramètres de performance de désinfection efficaces sont également fréquemment dosés, notamment le chlore résiduel, le pH et la température de l'alimentation en effluents d'eaux usées traitées (EST).

Plusieurs méthodes de détection à haut débit, notamment l'ELISA et l'amplification basée sur qRT-PCR, ont été utilisées pour détecter les entérovirus dans des échantillons d'eau. technologies de détection sont nécessaires. La qRT-PCR suivie d'un séquençage est considérée comme la méthode la plus spécifique et la plus sensible actuellement disponible5 et peut être utilisée pour documenter l'émergence de nouvelles souches virales, surveiller l'évolution du virus et confirmer la source d'une épidémie6,7. Cela peut cependant être limité par la présence de composants inhibiteurs dans les échantillons collectés qui peuvent conduire à des résultats faussement négatifs. Cela constitue une barrière et la préparation des échantillons pour ces tests reste longue et laborieuse.

Plusieurs technologies ont émergé plus récemment pour une détection à plus haut débit des agents pathogènes d'origine hydrique. Un exemple est l'analyseur QIAstat-Dx qui utilise un système de PCR en temps réel multiplexé pour détecter simultanément des acides nucléiques pathogènes dans des échantillons biologiques et représente un système fermé qui contient tous les réactifs nécessaires, permettant une préparation d'échantillons sans intervention. Grâce à ce système, les signaux d'amplification en temps réel détectés peuvent être automatisés à l'aide d'une plate-forme logicielle intégrée et signalés via une interface utilisateur intuitive pour optimiser le débit. La technologie Luminex xMAP (x = analyte, MAP = profilage multi-analyte) permet également l'analyse rapide, rentable et simultanée de plusieurs agents pathogènes dans un seul échantillon. Cette méthode implique le pré-revêtement de microsphères fluorescentes avec des antigènes de diagnostic spécifiques qui capturent les agents pathogènes correspondants qui sont combinés avec des rapporteurs fluorescents reconnus par le lecteur Luminex. Ce système peut identifier jusqu'à 500 cibles dans un seul échantillon et a été utilisé dans de multiples études de diagnostic.

Ici, nous avons effectué la première analyse systématique de ces deux méthodes moléculaires pour détecter la présence d'agents pathogènes associés à la gastro-entérite dans des échantillons d'eau traitée provenant d'une tour de refroidissement en Arabie Saoudite. Nous montrons que les protocoles actuels de traitement des eaux usées éradiquent efficacement les agents pathogènes viraux et recommandons la PCR multiplex (QIAstat-Dx) comme technologie de détection la plus sensible.

Les traitements préliminaire, secondaire (aération et décantation du clarificateur) et tertiaire (filtration sur sable et désinfection) ont été effectués comme décrit précédemment8. Les eaux usées (WW) provenant des zones résidentielles ont été collectées dans une boîte de jonction avant d'entrer dans l'installation de traitement. Le WW a été livré par des camions-citernes et a été éliminé à l'installation de réception des boues (SRF), qui relie le pipeline d'affluent aux ouvrages de tête. L'ouvrage principal était équipé d'une station de traitement préliminaire pour éliminer les débris tels que les roches et les matériaux en bois. Une chambre de dessablage a été utilisée pour enlever les matériaux plus lourds. La chambre de sortie des travaux de tête détourne le flux WW vers des bassins d'urgence qui peuvent être renvoyés pour traitement (Splitter Box #1) via le puits humide de recyclage. Le débit total de l'affluent a été mesuré à l'aide d'un canal Parshall situé dans le canal avant l'ouvrage de sortie. La qualité de l'eau entrante a été validée quotidiennement par la collecte d'échantillons et l'évaluation de l'oxygène dissous (OD), du pH, de la température, du total des solides en suspension (TSS), de l'huile et de la graisse.

Les processus de traitement secondaires sont illustrés à la Fig. 1 supplémentaire. WW de la tête de production s'écoule vers le répartiteur n ° 1 et a été divisé en réservoirs 1 à 2 pour l'aération. Le répartiteur #1 a également reçu un flux de boues de retour. Le puits humide de recyclage s'écoulait du filtre à sable à lavage à contre-courant continu. L'étang d'urgence coulait comme indiqué dans la Fig. 1 supplémentaire. Les aérateurs de surface maintenaient le niveau requis d'OD (2,0 mg/l) pour assurer la dégradation microbiologique de la matière organique. Les niveaux d'OD ont été validés à chaque quart de travail et la vitesse de l'aérateur de surface a été ajustée manuellement. Des échantillons de quart de travail ont été prélevés quotidiennement pour valider les performances du bassin d'aération. L'OD, le pH, la température, le TSS, les solides en suspension de la liqueur mixte (MLSS), les solides en suspension volatils de la liqueur mixte (MLVSS), les temps de rétention des boues (SRT), la décantabilité et la couleur des boues, le moussage ou le gonflement ont été mesurés. La sortie des réservoirs d'aération a été livrée au Splitter Box # 2 vers les clarificateurs 1 et 2. La qualité de l'eau de la sortie du clarificateur a été validée par l'évaluation de la turbidité, du TSS, de l'OD, du pH et de la température. Les facteurs opérationnels, y compris la couverture de boues, les indicateurs de couple et la surface de l'eau, ont été notés à chaque quart de travail. Les boues collectées du clarificateur ont été périodiquement rejetées ou renvoyées dans la boîte de séparation n° 1 en fonction des paramètres opérationnels. Les déchets de boues du clarificateur ont été évacués vers le digesteur aérobie pour une dégradation ultérieure et une évacuation vers les lits de séchage des boues. La boue de retour a été pompée vers la boîte de séparation #1 pour maintenir l'activité biologique dans le réservoir d'aération.

Le processus de traitement tertiaire est illustré à la Fig. 3 supplémentaire. L'eau effluente du clarificateur a été injectée en continu avec un coagulant (alun) pour améliorer le processus de filtration. Du chlore a été ajouté à la ligne d'effluent du clarificateur pour empêcher la croissance microbiologique sur le filtre à sable. Le filtre à sable fonctionnait en continu avec le WW et s'écoulait dans le puits humide, où du chlore était ajouté pour inactiver les contaminants microbiologiques. Le temps de contact avec le chlore était de 5 km avant l'EST. Les pompes EST déchargeaient l'eau filtrée du puisard vers les réservoirs de stockage des effluents.

Les effluents d'eaux usées traitées tertiaires (TTSE) ont été analysés par un laboratoire tiers pour la conformité. Une analyse hebdomadaire a été effectuée pour la DBO, la DCO, le TSS, les coliformes totaux, les œufs intestinaux, le pH, la turbidité et la température. Une analyse mensuelle des échantillons a été effectuée pour le nitrate. La décharge des réservoirs de stockage des effluents a été livrée à une ligne de tête de 30″ pour l'aspiration vers les pompes d'irrigation communautaires.

Des échantillons d'eau de la tour de refroidissement ont été prélevés toutes les deux semaines à Dharan du 14 avril 2019 au 3 décembre 2019. Les zones ont été classées comme suit : Site A : site témoin avec des eaux usées non traitées. Abqaiq STP post-traitement (conduite de refoulement de la pompe d'irrigation) ; Site B : alimentation en eau TSE de la tour de refroidissement de l'usine de climatisation n° 2 (conduite d'alimentation CT) ; Site C : Usine de climatisation # 2 Ligne de circulation de la tour de refroidissement. Les échantillons ont été prélevés de manière aseptique dans 1 l d'eau stérile dans des bouteilles en verre et maintenus à 4 ° C dans des récipients sombres pendant le transport vers le King Faisal Specialist Hospital Research Center, Riyad (KFSHRC). Les échantillons ont été transportés pendant ≤ 6 h avant l'analyse.

Au total, 64 échantillons ont été prélevés sur une période de 9 mois. Ceux-ci comprenaient 16 échantillons de source de prétraitement/d'effluent brut (témoin) et 48 échantillons traités à l'eau de chaque emplacement. Les échantillons ont été traités dans des conditions contrôlées dans les 12 h suivant leur arrivée.

Une méthode de centrifugation en deux étapes a été utilisée pour l'évaluation des virus entériques comme décrit précédemment12. Les échantillons ont d'abord été concentrés par ultracentrifugation à 20 450 g pendant 24 h à 4 °C jusqu'à 10 ml. Un deuxième tour d'ultracentrifugation a été effectué à 182 000 g pendant 2 h à 4 °C SORVALL RC 6 PLUS (Adaptateur : SORVALL SLA-1500 SUPER_LITE). Les échantillons ont été analysés en parallèle via une PCR multiplex ou une hybridation pour un dépistage et une détection comparatifs. Les échantillons restants ont été conservés à 4 °C.

Des échantillons ont été prélevés à Dharan et analysés pour : (1) paramètres microbiologiques : Legionella pneumophila, Klebsiella pneumoniae et coliformes totaux ; (2) les paramètres de désinfection comprenaient le chlore résiduel, le pH, la température, l'analyse physique et chimique de l'alimentation TSE et de l'eau de recirculation.

Des échantillons d'eau concentrée ont été analysés à l'aide du QIAstat-Dx Gastrointestinal Panel (Qiagen, États-Unis), un test qualitatif conçu pour la détection d'acides nucléiques viraux, parasitaires ou bactériens dans des échantillons de selles. Ceux-ci comprenaient : Vibrio vulnificus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium spp., Giardia lamblia, Cyclospora cayetanensis, Campylobacter spp., Enterotoxigenic E. coli (ETEC), Enteropathogenic E. coli (EPEC), Enteroaggregative E. coli ( EAEC), E. coli producteurs de toxines de type Shiga (STEC [E. coli entérohémorragique]), Salmonella spp., Clostridium difficile (tcdA/tcdB), Yersinia enterocolitica, E. coli producteurs de toxines Shiga (STEC) sérotype O157 : H7, Enteroinvasive E. coli (EIEC)/Shigella, Plesiomonas shigelloides, Adénovirus humain F40/F41, Norovirus GI, Norovirus GII, Rotavirus A, Astrovirus et Sapovirus GI, GII, GIV et GV. Des échantillons d'eau concentrée ont été chargés sur la cartouche du panel gastro-intestinal et l'extraction, l'amplification et la détection des acides nucléiques ont été effectuées automatiquement sur l'analyseur QIAstat-Dx. Des courbes d'amplification RT-PCR ont ensuite été générées.

La deuxième méthode de détection moléculaire a utilisé la plate-forme Luminex, un système d'hybridation à base de billes d'amplification multiplex basé sur le xTAG Gastrointestinal Pathogen Panel (GPP). En utilisant un petit volume d'échantillon, le système peut mesurer simultanément 100 analytes. L'extraction et la purification de l'acide nucléique ont été effectuées à l'aide du mini kit d'acide nucléique EZ1 v2.0 (Qiagen, États-Unis) conformément au protocole du fabricant. Les acides nucléiques purifiés ont été élués dans 60 µl de tampon. Le panel xTAG Gastrointestinal Pathogen a détecté une liste de bactéries, de virus et de parasites identique à celle du panel QIAstat-Dx.

Un total de 64 échantillons d'eau composés de 16 témoins et 48 échantillons d'essai provenant des trois zones de filtration ont été analysés. Des échantillons ont été prélevés sur le site de Dhahran toutes les 2 semaines. Les paramètres physiques et chimiques de chaque échantillon d'eau ont été enregistrés. Les valeurs moyennes sont résumées dans le tableau 1.

La récupération maximale du virus a été observée après deux cycles d'ultracentrifugation. Des échantillons d'eaux usées (n = 16) ont été inclus comme témoins positifs. La concentration des échantillons d'eau a conduit à des taux de récupération de 59,34 % sur la plate-forme QIAstat-Dx contre 6,2 % sur la plate-forme Luminex 200, soulignant ses performances supérieures pour l'analyse (tableau 2).

Nous avons évalué les performances des plateformes QIAstat-Dx et Luminex 200 pour détecter les bactéries, les virus et les parasites à partir d'échantillons de test et de contrôle (Fig. 1). Dans les eaux usées témoins, les deux plateformes pouvaient détecter les virus, les bactéries et les parasites avec une sensibilité ≥ 95 % (Fig. 1). Lors de l'analyse des échantillons de test, le QIAstat-Dx a pu identifier au moins un agent pathogène associé à la gastro-entérite dans les échantillons provenant des trois zones, avec des taux de détection de 4,69 % pour les bactéries, 14,32 % pour les virus et 5,31 % pour les parasites. Aucun pathogène entérique n'a été détecté dans les 48 échantillons restants. En comparaison, la plateforme Luminex 200 a détecté des pathogènes associés à la gastro-entérite dans 11 échantillons d'eau des trois zones, avec des taux de détection de 0,85 % pour les virus, 1,55 % pour les bactéries et 0,31 % pour les parasites. Aucun agent pathogène entérique n'a été détecté dans les 53 échantillons restants (Fig. 1). La détection de virus à l'aide de la plateforme QIAstat-Dx (14,32 % vs 0,85 %) était donc plus sensible que l'analyse Luminex 200.

Détection des agents pathogènes d'origine hydrique à l'aide des plates-formes QIAstat-Dx vs Luminex 200. Des échantillons d'eau concentrée ont été chargés sur la cartouche du panneau gastro-intestinal de chaque plate-forme. L'extraction, l'amplification et la détection des acides nucléiques ont été effectuées automatiquement sur la plate-forme QIA-stat-Dx ou à l'aide d'un mini kit d'acide nucléique EZ1 v2.0 pour le xTAG Gastrointestinal Pathogen Panel. Sur les 64 échantillons, la plateforme QIA-stat-Dx a détecté des taux positifs de 4,69 %, 14,32 %, 5,31 % et des taux négatifs de 95,31 %, 85,67 % et 94,68 % respectivement pour les bactéries (barres bleues), les virus (barres oranges) et parasites (barres grises). La plateforme Luminex a détecté des taux positifs de 0,85 %, 1,55 %, 0,31 % et des taux négatifs de 99,15 %, 98,42 % et 99,68 % respectivement pour les bactéries, les virus et les parasites. POS : nombre total d'échantillons positifs vs. NEG : nombre total d'échantillons négatifs. Les pourcentages indiquent le nombre d'échantillons positifs pour un agent pathogène spécifique.

Les performances et la concordance de chaque plateforme sont résumées dans le tableau 3. Une concordance de 27 % a été observée pour E-Coli (st/it) (3/13), 50 % pour Norovirus GI (4/8) et 20 % pour Adénovirus F40/F41 (2/10). La toxine A/B de Clostridium difficile a été détectée uniquement sur la plateforme Luminex 200 (1 échantillon sur 64). Une détection positive a été observée dans 2 échantillons traités mais aucun agent pathogène gastro-entérique n'a été détecté. Les tests ont été répétés sur la plate-forme Luminex 200 pour confirmation. Des résultats discordants ont été observés pour 19 cibles (QIAstat-/Luminex+, QIAstat+/Luminex−). La plateforme QIAstat-Dx a détecté 12 pathogènes de gastro-entérite qui n'étaient pas détectés sur la plateforme Luminex 200, y compris Yersinia Enterocolitica, E-coli entéropathogène, E. coli entéroaggrégatif, Vibro Cholera, E. coli/shigella entéro-invasif, Sapovirus, Rotavirus A, Astrovirus, Norovirus GII, Giardia Lambia, Entamoeba Histolytica et Campylobacter spp. Cinq cibles (Vibrio Parahaemolyticus, Vibrio Vulnificus, Plesiomonas Shigelloides, Cyclospora cayetanensis, STEC O157 ont montré de faibles taux de détection sur les deux plateformes.

Les systèmes de refroidissement, en particulier les systèmes à eau libre, favorisent la croissance de nombreux micro-organismes et biofilms. S'ils ne sont pas contrôlés, ils entraînent des effets indésirables graves. La contamination peut être contrôlée à l'aide de programmes de traitement de l'eau optimisés consistant en une surveillance microbiologique efficace, des tests et des stratégies de contrôle. Ici, nous avons effectué une analyse complète de deux plates-formes avancées pour la détection de micro-organismes, y compris les entérovirus. Nos analyses ont montré que la plateforme QIAstat-Dx est trois fois plus efficace que la Luminex 200 pour la détection des pathogènes d'origine hydrique et que les procédures de désinfection actuelles en Arabie Saoudite semblent efficaces pour éliminer ces micro-organismes. Nous fournissons donc la première analyse systématique de ces deux méthodes de détection moléculaire dans des échantillons d'eau traitée en Arabie Saoudite.

Les épidémies de maladies provenant des tours de refroidissement ont entraîné des décès, principalement en raison d'un traitement inadéquat de l'eau et des produits chimiques. Klebsiella sp. sont des habitants naturels des systèmes d'eau sanitaire qui peuvent se multiplier dans des conditions riches en nutriments. Leur ingestion ou leur transmission par des aérosols contaminés peut entraîner une pneumonie, en particulier chez les personnes immunodéprimées. Des plans de traitement des eaux usées peuvent être conçus pour les virus humains pathogènes, bien que ceux-ci dépendent de la zone géographique et du type de virus circulant dans la population. Bien que les procédés de traitement primaire et secondaire puissent réduire les titres de virus, ils ne sont pas spécifiquement conçus à cette fin. Les traitements tertiaires, y compris la filtration, la technologie des membranes et les systèmes de lumière UV, sont souvent utilisés comme approche à barrières multiples. Le risque pour les populations d'aérosols porteurs de virus est actuellement théorique, aucune épidémie publiée n'ayant été signalée. De plus, les virus ne se reproduiront pas en dehors de leur hôte et leur sort dépend d'une série de facteurs environnementaux, notamment la température, l'humidité et la lumière du soleil. Il est cependant reconnu que les virus entériques, y compris les rotavirus et les adénovirus, présentent un risque pour la santé humaine lors de l'irrigation des paysages dans des zones non réglementées. La clé d'une surveillance efficace est la confiance dans les procédures d'isolement utilisées pour étudier les agents pathogènes d'origine hydrique. Nous avons observé une récupération maximale du virus dans tous les échantillons d'eau évalués après deux cycles d'ultracentrifugation. La concentration des échantillons d'eau a conduit à des taux de récupération de 59,34 % sur la plateforme QIAstat-Dx contre 6,2 % sur la plateforme Luminex 200, soulignant à nouveau ses performances supérieures. Nous mettons donc en évidence à la fois les procédures d'isolement et d'analyse optimales pour maximiser la récupération du virus et assurer une analyse précise des échantillons.

L'utilisation de biocides primaires tels que l'hypochlorite de sodium, une méthode de désinfection populaire, ne parvient pas à éliminer efficacement les virus des effluents traités isolément, avec plusieurs approches de barrière souvent nécessaires pour contrôler efficacement le risque. Les systèmes de refroidissement fournissent un environnement où les micro-organismes tels que les protozoaires, les algues, les champignons et les bactéries, y compris les légionelles et les klebsiella, peuvent proliférer. L'exposition humaine par le biais des bio-aérosols concerne la « dérive » des éliminateurs de gouttelettes intégrés, la « dérive » directement du bassin de la tour de refroidissement et l'exposition fugitive due aux fuites structurelles. Lorsque les températures de l'eau varient de 20 à 50 ° C (68 ° à 122 ° F), les tours de refroidissement ont un potentiel de croissance microbiologique. Des pratiques de traitement de l'eau, de contrôle opérationnel et d'entretien sont donc requises. Même avec une conception appropriée, des gouttelettes d'eau suffisamment petites pour être inhalées (c'est-à-dire < 5 μm de diamètre) peuvent quitter l'éliminateur de gouttes9,10,11. Le résultat d'une étude pilote a indiqué que le TSE est une alternative viable aux eaux souterraines pour les systèmes de refroidissement industriels avec une utilisation potentielle dans le monde entier. La croissance microbiologique dans la tour de refroidissement peut être contrôlée par la désinfection continue de l'eau de recirculation à l'aide d'hypochlorite de sodium à 12,5 % comme biocide primaire. Des systèmes complets de traitement de l'eau, comprenant des procédures d'exploitation robustes, des technologies avancées de détection des virus et une gouvernance et une surveillance continues par un spécialiste qualifié sont essentiels pour la gestion et le contrôle des risques néfastes pour la santé humaine. Il est nécessaire de déterminer l'efficacité de la désinfection et des traitements biocides non oxydants pour permettre l'utilisation généralisée des EST dans les systèmes de tours de refroidissement. Notre analyse donne confiance dans les procédures de désinfection actuelles en Arabie Saoudite pour l'élimination de ces agents pathogènes.

Cette étude pilote fournit la première analyse systématique de deux méthodes de détection moléculaire pour évaluer la présence d'agents pathogènes associés à la gastro-entérite dans des échantillons d'eau traitée provenant de tours de refroidissement. Nous montrons que les protocoles actuels de traitement des eaux usées peuvent éradiquer efficacement les agents pathogènes viraux et recommandons la PCR multiplex (QIAstat-Dx) comme technologie de détection la plus sensible.

Toutes les données générées ou analysées au cours de cette étude sont incluses dans cet article publié [et ses fichiers d'informations supplémentaires].

Fong, T.-T. & Lipp, EK Virus entériques des humains et des animaux dans les milieux aquatiques : risques pour la santé, détection et outils potentiels d'évaluation de la qualité de l'eau. Microbiol. Mol. Biol. Rév. 69, 357–371 (2005).

Article CAS Google Scholar

Pianetti, A. et al. Présence d'entérovirus et de réovirus dans les eaux de la côte italienne de la mer Adriatique. Épidémiol. Infecter. 125, 455–462 (2000).

Article CAS Google Scholar

Kocwa-Haluch, R. Entérovirus d'origine hydrique comme danger pour la santé humaine. Pol. J. Environ. Étalon. 10, 485–488 (2001).

Google Scholar

Zinger, L., Gobet, A. & Pommier, T. Deux décennies de description de la majorité invisible de la diversité microbienne aquatique. Mol. Écol. 21, 1878–1896 (2012).

Article Google Scholar

Bej, AK, Steffan, RJ, DiCesare, J., Haff, L. & Atlas, RM Détection de bactéries coliformes dans l'eau par réaction en chaîne par polymérase et sondes géniques. Appl. Environ. Microbiol. 56, 307–314 (1990).

Article ADS CAS Google Scholar

Fuhrman, JA, Liang, X. & Noble, RT Détection rapide des entérovirus dans de petits volumes d'eaux naturelles par PCR quantitative en temps réel de la transcriptase inverse. Appl. Environ. Microbiol. 71, 4523–4530 (2005).

Article ADS CAS Google Scholar

Cardosa, MJ et al. Epidémiologie moléculaire des souches d'entérovirus humain 71 et épidémies récentes dans la région Asie-Pacifique : analyse comparative des gènes VP1 et VP4. Urgence Infecter. Dis. 9, 462 (2003).

Article Google Scholar

Fitzhenry, K. et al. L'effet des processus de traitement des eaux usées, en particulier le traitement par la lumière ultraviolette, sur l'élimination des virus pathogènes (2016).

Minimiser le risque de légionellose associé aux systèmes d'eau des bâtiments (2000).

Organisation, WH Legionella et la prévention de la légionellose (2007).

Le contrôle de la légionelle dans les systèmes de refroidissement par évaporation »(HSG 274, partie 1) Health and Safety Executive (2014).

Prata, C., Ribeiro, A., Cunha, A., Gomes, NC et Almeida, A. Ultracentrifugation comme méthode directe pour concentrer les virus dans les eaux environnementales : dénombrement des particules de type viral comme nouvelle approche pour déterminer l'efficacité de la récupération . J. Environ. Monit. 14, 64–70 (2012).

Article CAS Google Scholar

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Nous remercions le Centre de recherche du King Faisal Specialist Hospital & Research Center pour son soutien scientifique et sa collaboration. Nous tenons à remercier les ingénieurs du site pour leur aide dans la collecte d'échantillons pour cette étude.

Ce projet a été financé par Saudi Arabian Oil Company.

Environmental Health Unit, Workplace Environment Division, Environmental Protection, Saudi Aramco, Al-Midra Tower, 9th floor, Dhahran, Arabie saoudite

Fawaz A. Al-Wohaib et Hassan Al-Zain

Section de recherche sur les hôtes immunodéprimés, Département des infections et de l'immunité, Hôpital spécialisé et centre de recherche King Faisal, Riyad, Arabie saoudite

Ibtihaj Al-Sharif, Donna Murad, Layla Al-Harbi et Maha Al-Mozaini

Département des sciences des laboratoires cliniques, Collège des sciences médicales appliquées, Université King Saud, Riyad, Arabie saoudite

Maha Al-Mozaini

Faculté de médecine, Université Alfaisal, Riyad, Arabie saoudite

Maha Al-Mozaini

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Conceptualisation, FW et MM ; méthodologie, IA et MM ; analyse formelle, LA, DM et HZ ; enquête, MM; conservation des données, FW et HZ ; rédaction—préparation du brouillon original, MM ; rédaction—révision et édition, FW, HZ et MM ; supervision, MM ; administration de projet, FW ; financement acquisition, MM Tous les auteurs ont lu et accepté la version publiée du manuscrit.

Correspondance à Maha Al-Mozaini.

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

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Réimpressions et autorisations

Al-Wohaib, FA, Al-Sharif, I., Al-Zain, H. et al. Évaluation de deux plateformes de détection moléculaire d'agents pathogènes de la gastro-entérite dans les eaux usées traitées de la province orientale de l'Arabie saoudite. Sci Rep 12, 21744 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-25702-4

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Reçu : 18 mai 2022

Accepté : 02 décembre 2022

Publié: 16 décembre 2022

DOI : https://doi.org/10.1038/s41598-022-25702-4

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